No final de 1966, a localização de Guevara ainda não era conhecida publicamente. Antes de partir para a Bolívia, alterou sua aparência raspando a barba e grande parte do cabelo, ficando irreconhecível. Em 3 de novembro de 1966, chegou secretamente a La Paz, em um voo proveniente de Montevidéu, com o nome falso Adolfo Mena González, fazendo-se passar por um empresário uruguaio de meia-idade que trabalhava para a Organização dos Estados Americanos.
Três dias depois de sua chegada à Bolívia, deixou La Paz e partiu para a região rural do sudeste do país para organizar seu exército guerrilheiro.
Decorrência da concepção foquista, o movimento guerrilheiro impulsionado por Che careceu desde o início de uma fisionomia política definida. A ausência de um programa claro e acabado foi uma marca desse movimento. As colocações políticas não superaram as generalidades: denúncia da ditadura sanguinária de Barrientos, chamado à unidade para “responder a violência com violência”, “programa mínimo que conduza à libertação da Bolívia”. O Exército de Libertação Nacional (ELN), nome adotado pelo grupo guerrilheiro, tampouco procurou delimitar-se do restante das forças políticas bolivianas.
Essa ausência de programa adequava-se ao estranho arranjo sobre o qual foi montado o grupo guerrilheiro: conjugar os quadros cubanos que rodeavam Che com o débil Partido Comunista Boliviano (PCB), cuja política direitista e golpista o havia desprestigiado muito. Os cubanos, que constituíam a coluna vertebral das operações militares, eram os veteranos de Sierra Maestra e da Baía dos Porcos. Seu eixo político fundamental havia sido formulado por Guevara em sua mensagem à Tricontinental, onde chamava a criar “um, dois, três, muitos Vietnãs”, isto é, que era necessário abrir outra frente na América Latina para tirar o Vietnã, e também Cuba, do isolamento. Dessa forma, o “foco” boliviano era concebido como parte de uma segunda frente continental que deveria ser estendida ao Peru e à Argentina.
O foquismo expunha assim suas limitações intrínsecas. Partindo de uma visão puramente militarista, os guerrilheiros deixavam em segundo plano tanto a situação política do país quanto as vinculações da guerrilha com as massas.
A campanha militar do grupo guerrilheiro estendeu-se de março de 1967 até a captura de Che, no início de outubro. As condições políticas determinaram todo o desenvolvimento das ações. Dado o desconhecimento da zona, sua falta de contatos com a população e as primeiras deserções, os guerrilheiros foram prematuramente localizados pelo exército. Ainda assim, conseguiram alguns êxitos iniciais, graças sobretudo à preparação dos quadros cubanos. Todavia, à medida que o exército os foi cercando, o isolamento tornou-se absoluto.
Suas relações políticas com os poucos camponeses da área foram terrivelmente difíceis. O próprio Che reconheceu esse fato no seu Diário da Bolívia. As redes de apoio nas cidades, que eram muito fracas, foram bloqueadas pelo PCB, que impôs todo tipo de obstáculo e dificuldades à guerrilha, apesar dos acordos entre as forças políticas. A traição do stalinismo boliviano, em quem Che e Fidel Castro haviam depositado responsabilidades de apoio, agravou o isolamento do movimento e facilitou sua liquidação.
A situação política boliviana à época era de refluxo, depois dos brutais massacres operários de maio e setembro de 1965, que se seguiram ao golpe militar do general Barrientos, realizado em novembro de 1964. Da parte do movimento sindical e estudantil, houve certa reanimamento no outono de 1967. O setor operário mineiro, em particular, tentou se reagrupar em um congresso clandestino da Federação, mas o regime apelou novamente para uma repressão feroz em 24 de junho de 1967, no que ficou conhecido como Massacre de São João. O isolamento e a traição do stalinismo conduziram à tragédia final.
Desde o momento em que a presença de Che foi confirmada pelo imperialismo, houve uma crescente participação dos EUA na repressão ao foco guerrilheiro do sudeste boliviano. Foram enviados “instrutores”, agentes da CIA e todo tipo de apoio militar e “inteligência” para colocar em marcha uma verdadeira caça humana.
Em 7 de outubro de 1967, um informante avisou as Forças Especiais da Bolívia sobre a localização do acampamento de guerrilha na garganta de Yuro. Na manhã de 8 de outubro, eles cercaram a área com dois batalhões, contando com 1,8 mil soldados e avançaram até o barranco, desencadeando uma batalha em que Guevara foi ferido e feito prisioneiro. Levado para uma escola na aldeia vizinha de La Higuera, na manhã de 9 de outubro Che Guevara foi executado por um suboficial boliviano sob as ordens da CIA.
