A Reitoria da USP (Universidade de São Paulo), teve grande responsabilidade na perseguição e desaparecimento de alunos e professores da universidade ao terem ligação com órgãos de vigilância e repressão àqueles que se colocavam contra o regime ditatorial imposto no país. Segundo o relatório final da Comissão da Verdade da USP, a Universidade mantinha uma agência de informações, onde a mesma servia como canal direto para os órgãos de repressão.
O relatório feito pela Comissão da Verdade da USP, possui 10 volumes, onde são feitas exposições acerca de todas as violações que ocorreram na Universidade naquele período. O órgão que atuava no controle de informações era a Assessoria Especial de Segurança e Informação (Aesi), a mesma foi criada na gestão do reitor Miguel Reale (1969-1973), no ano de 1972. Os informes eram dados prontamente aos órgãos de informações e repressão, como: Departamento de Ordem Política e Social (DOPS); Serviço Nacional de Informação (SNI), além da policia.
As consequências geradas pela sua implementação na universidades foram evidentemente as piores, todas as informação que eram obtidas na Aesi, eram diretamente enviadas aos órgãos de repressão que, prontamente se colocavam a executar sua ações de maneira ágil a localizar alunos e professores que tinham envolvimento na militância política contra a ditadura militar. Foram desde prisões até mortes daqueles que eram monitorados pela agência de informações.
Fato é, que muitas dessas práticas que eram realizadas na USP nesse período, ainda mantém resquícios nos dias de hoje. mantém-se, por exemplo, o controle político e ideológico no espaço universitário, tal qual ocorre numa série de implicações impostas aos alunos quando se trata desde a um pedido de bolsa para pesquisa cientifica até a moradia estudantil.
A ameaça do agravamento da repressão nas Universidades se faz presente mais do que nunca com o golpe de Estado que fortemente impulsionou o avanço de toda uma política de ataque contra as universidades e ao ensino público de conjunto.