Em 3 de outubro de 1963, Honduras sofre seu segundo golpe militar, somente 10 dias antes de uma eleição que já estava marcada. Oswaldo López Arellano tomou o lugar de Ramón Villeda Morales como presidente de Honduras, dando início a um regime militar que durou duas décadas. Villeda Morales parecia ter a simpatia dos comunistas de Honduras, principalmente por ter instituído leis trabalhistas mais progressistas e uma política que presava pela reforma agrária, o que não agradou a direita de Honduras, muito menos o imperialismo estadunidense.
Villeda havia planejado expropriar as terras da United Fruit Company, nunca conseguiu, mas esse plano era grande fonte de atrito com os direitistas e o imperialismo. Desde a tentativa de golpe em 1959, a relação entre militares e civis estava bem deteriorada, mesmo com a tentativa tendo sido barrada por manifestações de estudantes e simpatizantes de Villeda, a hostilidade com os militares continuou, sendo até criada uma guarda especial para o presidente. Nessa conjuntura, até o candidato do Partido Liberal concorria à presidência com uma plataforma de desmilitarização.
Um dos objetivos da conspiração dos militares com o imperialismo estadunidense era impedir que o candidato do Partido Liberal, que estava cotado para vencer as eleições, assumisse o posto de presidente de Honduras, afinal, sua ideologia não ia ao encontro da política de alguns empresários e as transnacionais bananeiras estadunidenses. Assim, os militares agiram de modo a preservar o poder dos EUA no país e assumiram o controle de Honduras.
Após o golpe em Honduras, concretizado pelos militares das Forças Armadas do país, o coronel da Aviação, Oswaldo Lopez Arellano, foi nomeado presidente interino de Honduras após ditadura instalada, e, ainda durante seu governo, ocorreu uma guerra entre Honduras e El Salvador “por questões migratórias e uma disputa sobre o traçado das fronteiras”.
