Em setembro de 1989, o presidente dos EUA, George Washington, indicou Thomas Jefferson para o cargo de Secretário de Estado, o homem responsável pelas relações internacionais do país. Naquele momento o governo dos EUA estava no seu momento mais progressista, havia surgido de uma revolução para derrotar os ingleses.
Thomas Jefferson aceitou o convite do presidente Washington ao retornar da França revolucionária. Durante seu mandato, Jefferson trabalhou para diminuir a dependência comercial dos Estados Unidos em relação à Grã-Bretanha e fortalecer os laços com a França. Ele também buscou enfraquecer o colonialismo espanhol e o controle britânico no território ao norte, acreditando que isso facilitaria a relação com a população de índios. Em oposição às políticas federalistas de Hamilton, Jefferson e James Madison fundaram o National Gazette para promover suas ideias republicanas e criticar as políticas de concentração de poder federal defendidas por Hamilton.
Após sua saída do governo em 1793, Jefferson organizou a oposição nacional ao Tratado de Jay, que Hamilton havia negociado com a Grã-Bretanha, temendo que o acordo aumentasse a influência britânica nos EUA e comprometesse o republicanismo. Ele permaneceu firme em seu apoio à França, mesmo durante a violenta fase do Reinado do Terror, acreditando que se afastar da França seria prejudicial à causa republicana nos Estados Unidos. O tratado foi eventualmente encerrado em 1805, durante a administração presidencial de Jefferson.
Pela proximidade com os franceses fica claro que Jefferson era um homem da ala esquerda dos revolucionários. Naquele momento todas as nações reacionárias do mundo se unificaram contra a Revolução Francesa, não era o caso dos EUA. Jefferson ao longo da vida também se opôs ao autoritarismo do judiciário, inclusive sendo um dos maiores críticos da ideia da Corte Suprema.
